Câu Lạc Bộ Mizuki: Dive!! xoay quanh câu lạc bộ bơi lặn Mizuki Diving Club (MDC) đang chuẩn bị đóng cửa vì trình trạng thiếu hụt tài chính. Để tiếp tục duy trì câu lạc bộ, huấn luyện viên mới đã cố thuyết phục hội phụ huynh với lời hứa vàng: CLB sẽ đưa một thành viên tham dự cùng đoàn Nhật Bản ở thế vận hội Olympic sắp diễn ra.